その昔、戦国動乱の天正18年（1590）7月豊臣秀吉が小田原の北条氏直を滅ぼした折、その先鋒として活躍した徳川家康は秀吉より関八州を賜わり領有する処となりました。それより以前、すでに家康腹心の配下が関東各地に送り込まれ、その中の一人として天正12年（1584）頃、三河武士旗本島田次兵衛尉重次が坂戸とその付近を領有し統治しました。

重次はこの坂戸の地を島田家一門の居住地と定め、折から松山城落城の落武者等を坂戸へ招き荒廃した土地を開墾し坂戸の開発と興隆につとめました。

文禄元年（1592）ここに一寺を建立して島田家代々の菩提所とし、すでに三河にて隠居し、入道永源と号していた父右京亮利秀を招じて開基とし、その号をとって永源寺の寺号とし、当時関三刹の越生龍ヶ谷の龍穏寺十四世大鐘良賀大和尚を請じて開山（初代住職）としました。

慶長18年（1613）に徳川二代将軍秀忠公より寺領十四石余の御墨印を賜わり、寛永13年（1636）には御朱印に改められ代々十四石余の寺領を拝領しました。

万次3年（1660）、永源寺四世住職鉄心御州大和尚は永平寺永源寺十九世大覚仏海禅師として曹洞宗門最高の栄誉に昇進され、時の後西天皇より賜わった勅賜禅師号の御宸筆は現在永源寺の寺宝として大切に保存されています。